递交申请之后便是等待分配，目前香港公屋的平均轮候时间是3年，其间申请人可以在房屋署的网站上查看自己的轮候情况，基本上所有的轮候排队情况都会在网站上公开。
“打尖(插队)？香港从来没有人打尖，推行公屋制度近半个世纪了，你听说过有人打尖么？从来没有！”何伟民甚至觉得这个问题近乎“匪夷所思”，“先到先得最公平，香港人最讨厌打尖了，如果真有人通过行贿等手段打尖，或者想换个好点的公屋，那就要廉政公署出动了。”
也有人尝过非法行动的恶果。今年3月，一名内地新移民在申请公屋近6年后，获分配香港彩虹邨翠琼楼一个4楼单位，因为不满分配结果，便寄信给房屋署职员，信中附上100港元，除了答谢对方多年协助，并期换取另一个较新的高层单位，结果被房屋署另一位职员揭发，最终换来10周的监禁。
何伟民解释，公屋的分配不由得个人去选择，因为这是公共资源，港府只能按照相对公平的原则去进行分配，“按照目前的规则，只有平均每人的居住面积低于7平方米的家庭，也就是香港所说的‘挤避户’，才能有资格排期申请大一点的公屋单位，否则即使你的家庭收入高了，也不能要求政府给你换一个好一点的公屋。”
而目前香港公屋平均每人居住标准是11.2平方米，如果一个人居住超过30平方米，即“宽敞户”，港府有权将房屋收回再分配一个较小的单位，除非居住的是60岁以上的长者。
即使已经轮候上公屋，也并非“万事大吉”。为确保有限的公共房屋资源得到合理运用，香港房委会于1987年推行公屋住户资助政策。根据该政策，凡是在公屋单位居住满10年的租户，须在往后每2年申报收入一次。
“10年内就算你变李嘉诚也没人理你。”何伟民解释，但只要超过10年，所有有工作的家庭成员，都必须申报收入，“临时工、兼职甚至学生暑期工、交通津贴所有都要申报，同时房委会也有权调查你的所有家庭成员的收入。”
如果在这个过程中，家庭收入或资产超过限额，即“公屋富户”，便要按照实际情况缴纳1.5或两倍的租金，一旦两个标准都超过，即“超级富户”，便要缴纳市值租金，即是按照政府的测量师评估的，同等的楼宇、同等的区域、同等的面积，在市场上的租金。
“超级富户交了一年市值租金之后，如果两项标准都没有下降，就要搬出公屋。”何伟民举例，以一家三口计，如果超出规定的标准，即一家三口的月收入可以达到3.8万余港币，资产也超过100万港元，“那这个家庭完全有条件买私楼，为什么还要霸占公屋的资源？没有首期？政府不会管你，因为公屋是给最需要的人住。”
而对于暂时有经济困难的公屋租户，房委员在1992年就推出了租金援助计划，符合资格的住户可获减免一半租金；而经济条件比较好的公屋租户则需要缴纳较高的租金，2006年因这个计划而节省资助金额2亿元，同时还能达到以高租金促使其购买房屋而迁出的作用。
对此，香港房屋及运输局局长郑汝桦解释，保证公屋居住者有出有进，才能提高公屋的使用率。
